इस बीच संगमा को मुख्यमंत्री पद के लिए चुने जाने को लेकर गठबंधन में विरोध शुरू हो गया है। एनपीपी नीत गठबंधन मेघालय डेमोक्रटिक एलायंस के सहयोगी दल हिल स्टेट पीपुल्स डेमोक्रेटिक पार्टी (एचएसपीडीपी) गठबंधन के अन्य सहयोगी दल यूनाइटेड डेमोक्रेटक पार्टी (यूडीएफ) से इसलिए नाराज हैं कि उसने संगमा को मुख्यमंत्री बनाये जाने की सिफारिश की। उसका आरोप है कि संगमा 6० सदस्यीय विधानसभा के निर्वाचित सदस्य नहीं हैं। एचसीपीडीपी के मुखिया ए मिलर वासियावमोइट ने संगमा को मुख्यमंत्री के रूप में अस्वीकार करते हुए कहा, 'हमारी पार्टी एनपीपी के नवनिर्वाचित विधायक प्रोस्टोन तिंसोंग को मुख्यमंत्री बनाये जाने के पक्ष में है।' पूरी तरह से क्षेत्रीय दल के सरकार बनाने का समर्थन करते हुए उन्होंने कहा कि उनकी पार्टी ऐसे किसी सरकार को स्वीकार नहीं करेगी जिसमें कांग्रेस या भाजपा शामिल है।
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